Με απόφαση του υπουργείου Παιδείας αφαιρούνται από τα σχολικά εγχειρίδια των Θρησκευτικών όλες οι αναφορές, καθώς και όλες οι φωτογραφίες του πατέρα Αντωνίου, ιδρυτή της «Κιβωτού του Κόσμου».
Ειδικότερα, με τη συγκεκριμένη απόφαση διαγράφεται οτιδήποτε αφορά τον πατέρα Αντώνιο και την «Κιβωτό του Κόσμου» από τα σχολικά βιβλία των Θρησκευτικών της Γ’ Γυμνασίου και των τριών τάξεων του Λυκείου. Αφαιρούνται, επίσης, όλες οι φωτογραφίες.
Συγκεκριμένα:
Στο βιβλίο «Η μαρτυρία της Ορθόδοξης Εκκλησίας στον σύγχρονο κόσμο» της Γ’ Γυμνασίου, στη σελίδα 19, διαγράφεται η φωτογραφία στο πάνω μέρος της σελίδας και το κείμενο με τίτλο: «Η Κιβωτός του Κόσμου».
Στη σελίδα 23 του ίδιου βιβλίου, διαγράφεται η δραστηριότητα: «7. Καταγράψτε…Κόσμου»
Στο βιβλίο «Ορθόδοξη πίστη και λατρεία», της Α’ Λυκείου, στη σελίδα 152 αφαιρείται η εικόνα και η λεζάντα που τη συνοδεύει: «4. «Κιβωτός του Κόσμου» π. Αντώνιος Παπανικολάου».
Στο βιβλίο ΧΡΙΣΤΙΑΝΙΣΜΟΣ ΚΑΙ ΘΡΗΣΚΕΥΜΑΤΑ, της Β΄ Λυκείου, στη σελίδα 76, αφαιρείται η πρόταση:
«Ας επιχειρήσουμε να συνδέσουμε τα μηνύματα των δύο παρακάτω εικόνων».
Αφαιρείται, επίσης, η εικόνα μαζί με τη λεζάντα που τη συνοδεύει «Κορυφαία ΜΚΟ στην Ελλάδα για το 2016 αναδείχθηκε η «Κιβωτός του Κόσμου».
Στο βιβλίο «Χριστιανισμός και σύγχρονος κόσμος», της Γ’ Λυκείου, στη σελίδα 29, αφαιρείται η παράγραφος:
«Ο ρόλος της Εκκλησίας…κοινωνικών καταστάσεων».
Ο πατήρ Αντώνιος θα βρεθεί ενώπιον του Μικτού Ορκωτού Δικαστηρίου για την υπόθεση σεξουαλικών πράξεων σε βάρος δύο αγοριών φιλοξενούμενων σε δομές της Οργάνωσης, με απόφαση του Συμβουλίου Πλημμελειοδικών.
Με βούλευμά του (αριθμός 2432/ 2024) το δικαστικό Συμβούλιο διατάσσει την παραπομπή σε δίκη του κληρικού για κατηγορίες που αφορούν «κατάχρηση ανηλίκων με παθόντα που δεν είχε συμπληρώσει τα 14 έτη και με παθόντα που είχε συμπληρώσει τα 14 έτη κατά συρροή και κατ’ εξακολούθηση».
Η υπόθεση αφορά τις καταγγελίες ενός 19χρονου, ο οποίος ήταν στο παρελθόν τρόφιμος σε δομή, και ενός 15χρονου, που συνεχίζει να φιλοξενείται στην «Κιβωτό του Κόσμου», οι οποίοι κατέθεσαν στις εισαγγελικές Αρχές συγκεκριμένα περιστατικά.
Παράλληλα, ποινική δίωξη σε βαθμό κακουργήματος έχει ασκηθεί σε βάρος του πατέρα Αντώνιου και της πρεσβυτέρας, Σταματίας Γεωργαντή, για απιστία, υπεξαίρεση και ξέπλυμα μαύρου χρήματος, άσκησε ο εισαγγελέας Ιωάννης Σέβης ολοκληρώνοντας την έρευνα για τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου.
Η πρεσβυτέρα φέρεται να έχει τελέσει τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης ως φυσικός αυτουργός ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις. Και στους δύο αποδίδεται το αδίκημα της νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες.